În anul 2004, Ucraina a luat decizia începerii execuției construcţiei canalului navigabil de mare adâncime pe braţele Chilia şi Bâstroe, fără notificarea României, considerând că proiectul nu are implicaţii cu caracter transfrontalier. Cu toate acestea, Comisia de Anchetă care şi-a desfăşurat activitatea în perioada 2005 – 2006, a identificat mai multe efecte posibile cu caracter transfrontalier, precum impact asupra hidrologiei zonei, ce determină afectarea habitatelor pentru peşti şi impact asupra habitatelor păsărilor, ca urmare a lucrărilor de construcție și dragărilor din zonă. Comisia de Anchetă a semnalat continuitatea impactului și ulterior execuţiei canalului ucrainian, în perioada de exploatare, fiind recomandată elaborarea şi aplicarea unui plan de monitorizare a efectelor prezente şi viitoare ale proiectului Bâstroe. Studiile elaborate în 2008-2009 au evidenţiat modificări semnificative ale regimului hidrologic pe braţul Chilia după anul 2004, fapt ce confirmă una din concluziile Comisiei de Anchetă.
Prin urmare, în anul 2013 a fost necesară elaborarea unui studiu privind monitoringul calităţii componentelor fizico-chimice şi biologice din Delta Dunării şi zona costieră adiacentă în contextul impactului transfrontalier al canalului Bâstroe. Datele furnizate de către monitoringul continuu al acestor componente au ajutat la fundamentarea poziţiei părţii române în cadrul întâlnirilor bilaterale româno-ucrainiene precum şi în cadrul întâlnirilor din cadrul Convenţiei Espoo, cu privire la impactul transfrontalier al canalului Bâstroe, oferind o perspectivă de ansamblu asupra monitorizării efectelor canalului navigabil, de mare adâncime, Dunăre-Marea Neagră efectuat de Ucraina în Delta Dunării.
Pentru factorul apă a fost caracterizat regimul hidrologic şi hidrologia braţului Chilia prin compararea perioadei 1995-2002 cu perioada 2004-2012, a fost analizat chimismul apei în Delta Dunării şi zona costieră adiacentă şi au fost evaluate schimbările morfologice din zonă (Delta Dunării, braţul Chilia, litoralul românesc al Mării Negre), datorate realizării/activităţii pe canalul de mare adâncime Dunăre-Marea Neagră.
Pentru elementele de calitate biologică (hidrobiologice) au fost efectuate cercetări asupra stării habitatelor din zona adiacentă deltaică şi marină, asupra componentelor biologice: fitoplancton, macrofite, zooplancton şi macronevertebrate acvatice. De asemenea au fost desfăşurate cercetări privind dinamica populaţiilor de peşti, populațiilor de păsări, precum și a speciilor de amfibieni, reptile, mamifere ca urmare a factorilor disturbanţi în zona de studiu şi a fost stabilită starea de conservare a habitatelor speciilor (locuri de hrănire, de reproducere, etc.). Având în vedere totalitatea informaţiilor disponibile, au fost anticipate o serie de efecte ecologice la nivelul sectorului românesc al Deltei Dunării, corespunzător ariei de competenţă a Rezervaţiei Biosferei Delta Dunării, dar şi a regiunii marine învecinate.
